Am Orient-Institut Istanbul ist ein breites Spektrum an Geistes- und Sozialwissenschaften vertreten. Das Hauptaugenmerk liegt auf historischer und gegenwartsbezogener Forschung mit einer regionalen Perspektive, die schwerpunktmäßig die Territorien des Osmanischen Reichs, insbesondere die heutige Türkei, aber auch den Balkan umfasst, jedoch auch Kaukasien und Iran sowie die gesamte turksprachige Welt miteinbezieht.
Die größeren Forschungsprojekte sind in der Regel zugleich historisch und gegenwartsbezogen angelegt und überschreiten traditionelle Fächergrenzen, ohne auf eine starke Verankerung in den Kerndisziplinen zu verzichten. Derzeit sind am Institut Wissenschaftler/-innen aus den Disziplinen Osmanistik, sprachwissenschaftliche Turkologie, Türkeiforschung, Islamwissenschaft, Geschichte, Musikwissenschaft und Medizinsoziologie vertreten. Das Forschungsprofil ist systematisch in Themenbereiche gegliedert, die als Forschungsfelder und ‑schwerpunkte in der Regel langfristig angelegt sind.
Diese Forschungsfelder und Forschungsschwerpunkte strukturieren die Arbeit und binden auch den Großteil des wissenschaftlichen Nachwuchses ein. Publikationen und Veranstaltungen sind ebenfalls zu einem überwiegenden Teil mit den Forschungsfeldern und ‑schwerpunkten verbunden. Individuelle Forschungsprojekte der wissenschaftlichen Mitarbeiter/-innen, der Gastwissenschaftler/-innen sowie im Rahmen der Stipendien sind durchaus möglich, präferiert werden zumeist jedoch Projekte, die in das übergeordnete Forschungsprogramm des Instituts passen.
Größere Projekte des Instituts sind in der Regel den Forschungsfeldern zugeordnet, die neben dem Schwerpunktprojekt der sie leitenden wissenschaftlichen Mitarbeiter/-innen jeweils mehrere Einzelprojekte und jährlich wechselnde Stipendienprojekte umfassen sollen. Die Forschungsfelder des OII sind in der Türkei, in Deutschland und international vernetzt. Ihr Ziel ist es, innovative und komplexe Themen mit breit angelegten Fragestellungen, Kooperationen und größeren Teams anzugehen, um konkurrenzfähige Spitzenforschung zu ermöglichen und international Akzente zu setzen. Die wissenschaftlichen Resultate der Forschungsfelder werden durch eigene wissenschaftliche Veranstaltungen und die organisierte Präsentation auf internationalen wissenschaftlichen Konferenzen sowie durch ein breites Spektrum an Publikationen in selbst verantworteten Reihen, aber auch in Fremdpublikationen und Zeitschriften international sichtbar gemacht. Im Rahmen der verschiedenen Forschungsfelder erfolgt teilweise auch der Ausbau entsprechender Sammelschwerpunkte in der Bibliothek.
Ein weiteres wichtiges Element des Forschungsdesigns sind Forschungsschwerpunkte. Diese bündeln zwar ebenfalls mehrere Einzelprojekte, können aber auch einen explorativen Charakter besitzen. Auch sind sie nicht grundsätzlich auf Langfristigkeit, konstante Kooperationspartner und Drittmitteleinwerbung angelegt. Sie sind also insgesamt etwas niedrigschwelliger konzipiert und zunächst mit weniger Ressourcen ausgestattet. Sie werden vom Direktor oder von wissenschaftlichen Mitarbeiter/-innen verantwortet und bestehen häufig aus deren Schwerpunktprojekten, stellen teilweise aber auch (internationale) Kooperationsprojekte in einem lockeren Verbund dar.