Orient-Institut Istanbul’da, sosyal ve felsefi bilimlerin çok çeşitli alanlarında çalışma yürütülmektedir. Öncelik, tarihe ve günümüze yönelik bölgesel perspektife sahip araştırmalardadır. İlgi alanına giren bölgeler ağırlıklı olarak Osmanlı İmparatorluğu’nun hâkim olduğu bölgeler, özellikle de bugünkü Türkiye’nin coğrafi alanıdır. Ama Balkanlar, Kafkasya, İran ve Türk dili konuşulan tüm ülkeler de Enstitünün ilgi alanına girmektedir.

Büyük araştırma projeleri genellikle hem tarihi, hem de bugüne yönelik bir yaklaşıma sahiptir. Geleneksel disiplinlerin sınırlarını aşar, ama bunu yaparken temel disiplinlerin içinde yer almaktan da vazgeçmezler. Şu anda Enstitüde Osmanistik, dilbilimsel Türkoloji, Türkiye araştırmaları, İslam bilimleri, tarih, müzik bilimleri ve tıp sosyolojisi dallarından bilim insanları çalışmaktadır. Araştırma profili, sistematik bir şekilde çeşitli tematik alanlara ayrılmakta; araştırma alanları ve ağırlıklı araştırma konuları olarak nitelendirilen bu alanlar genelde uzun vadeli çalışmaları kapsamaktadır.

Çalışmalar, bu araştırma alanları ve ağırlıklı araştırma konuları üzerinden yapılandırılmakta ve Enstitüdeki genç bilim insanlarının da çalışmalara katılımı sağlanmaktadır. Yayınların ve etkinliklerin büyük bölümü de araştırma alanları ve ağırlıklı araştırma konularıyla bağlantılıdır. Bilimsel araştırma görevlilerinin, konuk bilim insanlarının ve burslu araştırmacıların kendi bireysel araştırmalarını yapmaları mümkündür; bununla birlikte, Enstitünün araştırma programıyla uyumlu projeler tercih edilmektedir.

Enstitünün büyük projeleri genellikle araştırma alanları içinde konumlandırılmaktadır. Bu araştırma alanları, onları yöneten araştırmacıların ağırlıklı araştırma projelerinin yanı sıra çok sayıda tek tek projeyi ve her yıl değişen burslu araştırmacıların projelerini de kapsamaktadır. OII’nin araştırma alanları Türkiye’de, Almanya’da ve uluslararası alanda varolan ağlara açık ve onlarla bağlantılıdır. Hedef, yenilikçi ve kompleks konuları geniş bir bakış açısına sahip yaklaşımlarla, işbirlikleri içinde ve büyük ekipler halinde ele almak ve bu şekilde uluslararası alanda belirleyici ve rekabet gücü yüksek üst düzey araştırmalar gerçekleştirebilmektir. Araştırma alanlarında elde edilen bilimsel sonuçların uluslararası alanda görünür kılınması; OII tarafından düzenlenen bilimsel etkinlikler, uluslararası bilimsel konferanslarda yapılan sunumlar, OII yayın dizileri kapsamında hazırlanan yayınlar, OII dışında hazırlanan yayınlara ve dergilere yapılan katkılar ile sağlanmaktadır. Bu çerçevede, kütüphanenin ilgili konularda daha fazla yayın toplaması da sayılabilir.

Enstitünün araştırma yapısının bir başka önemli ayağını da ağırlıklı araştırma konuları oluşturmaktadır. Bu ağırlıklı konular altında yine tek tek projeler bir araya getirilmektedir, ama bu araştırmalar standart dışı özelliklere de sahip olabilirler. Uzun vadeli olmaları, kalıcı ortaklarla birlikte gerçekleştirilmeleri veya dışardan fon aramaya yönelik olmaları gerekmez. Dolayısıyla daha hızlı ve sade tasarımlara sahiptirler ve başlangıçta bu araştırmalara daha az kaynak ayırılır. Sorumlulukları Enstitü Direktörü ve/veya araştırma görevlileri tarafından üstlenilir; çoğunlukla da onların kendi ağırlıklı projeleridir. Ama aralarında daha gevşek (uluslararası) işbirliği projeleri de yer alabilir.